Problema: quando acertamos o horário no windows o linux fica com a hora errada e vice e versa.

O problema é que você está usando hora local no windows e UTC no Linux.
Ou configura o Linux para usar hora local ou usa um cliente ntp para sincronizar a hora via internet com algum servidor ntp.

Configurando o Linux para não usar UTC:
No Fedora --> /etc/sysconfig/clock
onde está:

Código:
UTC=yes
troque para:
Código:
UTC=no